ในช่วงต้นรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร รัฐบาลมีนโยบายปรับปรุงการบริหารงาน เพิ่มประสิทธิภาพ ร.ส.พ. เพื่อให้มีความสามารถในการแข่งขันด้านธุรกิจโลจิสติกส์ มีการเสนอให้ ร.ส.พ. ย้ายสำนักงานไปอยู่ในที่ดินของการรถไฟแห่งประเทศไทย ต่อมานายภูมิธรรม เวชยชัย รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม ได้เสนอร่างพระราชกฤษฎีกา ต่อคณะรัฐมนตรี เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2548 ให้ยุบเลิก ร.ส.พ. โดยให้เหตุผลว่ามีปัญหาขาดสภาพคล่อง และมีหนี้สินสะสมกว่า 1,800 ล้านบาท และไม่มีความสามารถในการแข่งขันกับธุรกิจขนส่งของเอกชน[2][3] และได้มีพระราชกฤษฎีกายุบเลิกฯ เป็นผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549[4] รวมระยะที่องค์การฯ ดำเนินการมา 53 ปี

ภายหลังการยุบเลิก ร.ส.พ. ได้มีการเปิดประมูลให้บริษัทเอกชนเข้ามาทำหน้าที่ขนส่งสินค้าแทน[5] โดยการกล่าวหาว่า การยุบเลิก ร.ส.พ. มีวัตถุประสงค์เพื่อเอื้อประโยชน์ต่อกลุ่มธุรกิจขนส่งที่สนับสนุนรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ[6] สำหรับที่ดินใจกลางเมืองบริเวณถนนรางน้ำที่องค์การ ร.ส.พ. ย้ายออกไป ได้เปิดให้บริษัทคิง พาวเวอร์ จำกัด เช่าที่ดินสร้างเป็นศูนย์การค้าคิง พาวเวอร์ คอมเพล็กซ์